Som bekendt tager processen fra ansøgningen formuleres til der modtages bevingsskrivelse ofte flere måneder. Herefter kommer oprettelsen af projektet i AAUs økonomisystem (ØSS), og først herefter kan der konteres omkostninger og løn på projektet.
Forløbet kan opdeles i seks faser, hvoraf de tre første vedrører ansøgningsfasen og den eksterne kontakt med bevillingsgiver/projektpartnere/køber af ydelse. De tre sidste vedrører den hos AAU interne håndtering af projektet.
Det anbefales at Instituttets projektteam inddrages tidligt i forløbet. Det vil især være ifm. budgetlægning, f.eks. timepriser, taxameter, udregning af tilbud ved indtægtsdækket virksomhed. Projektteamet har desuden tæt kontakt til AAUs servicefunktioner; projektøkonomi, lønkontor, HR-afdeling, Kontraktenheden, og Fundrasing & Project Management Office. I forbindelse med ansøgningen, vil projektteamet desuden kunne komme med input vedr. de krav, bevillingsgiver måtte have til budget mm. Bemærk at alle budgetter skal godkendes af projektteamet, læs mere under emnet Krav vedr. ansøgninger.
Ofte kører udarbejdelsen af kontrakten/samarbejdsaftalen parallelt med formuleringen af ansøgningen eller i forlængelse af den indsendte ansøgning (ved indtægtsdækket virksomhed ligger kontrakten til grund for betalingen og skal derfor være på plads som det første). I denne fase kan projektteamet være behjælpelig med at finde den rette kontraktskabelon og bære den igennem hos Kontraktenheden. Kommer kontraktoplægget fra en ekstern partner, kan projektteamet også være behjælpelig med at tage evt. diskussioner om formuleringer med Kontraktenheden. Under alle omstændigheder letter det processen senere hen, hvis projektlederen holder projektteamet orienteret om forløbet (f.eks. cc. på e-mails til Kontraktenheden).
Når projektlederen har modtaget bevillingsskrivelsen, og evt. samarbejdsaftale er underskrevet (eller i det mindste i gang med at blive underskrevet af parterne), kan projektet sendes til oprettelse. I den forbindelse udarbejdes to skemaer, som skal sendes til Kontraktenheden som efter godkendelse sender videre til Projektøkonomi, som udsteder det endelige projektnummer. For alle projekter gælder, at det er Instituttets projektteam, der udarbejder skemaerne på baggrund af de informationer, projektlederen har leveret. Skemaerne skal underskrives af hhv. projektlederen og institutlederen, før det sammen med de relevante bilag sendes til Kontraktenheden. Når skemaerne er sendt afsted, står projektteamet for at svare Kontraktenheden samt Projektøkonomi på de spørgsmål der måtte opstå, for at projektet kan godkendes og oprettes.